☆ 1、如有部分内容理解不透或消化不好，可免费在以后培训班中重听；
      ☆ 2、在课程结束之后,授课老师会留给学员手机和E-mail,免费提供半年的课程技术支持，以便保证培训后的继续消化；
      ☆3、合格的学员可享受免费推荐就业机会。
      ☆4、合格学员免费颁发相关工程师等资格证书，提升您的职业资质。

• USEARCH（Ultra-fast sequence analysis）是一款超级快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域被广泛的应用。在扩增子分析领域的OTU聚类非常受欢迎。该软件由Robert Edgar开发，在序列搜索、聚类、去重、去嵌合体等步骤的准确度以及效率上显著高于老牌的mothur,QIIME等软件。截至目前，已经有全球8,006篇论文应用了USEARCH软件。该软件的64位版本是需要付费的，欢迎联系睿驰科技获取报价。
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• USEARCH的优点如下：
• 1.高速序列比对和聚类；比对速度是BLAST的10-1250倍，聚类速度是CD-HIT的1-1000倍。
• 2.安装简单便捷，程序小巧，易用。
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• 2018年7月底，USEARCH新版11已正式发布。新版Version 11，新增了6大新功能以及21个新命令。
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• 新功能包含：
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• 1.Machine learning：机器学习，主要包括随机森林、多次交叉验证、OTU分类重要性，包括的命令有森林训练、森林分类和森林交叉验证
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• 2.Improved cross-talk detection:改进嵌合体检测
• 3.Novel alpha diversity metrics：新增了两种Alpha多样性指数：Mirror estimator 、Singleton-free（FE）estimator
• 4.Octave plots for visualizing alpha diversity：Octave plots（八度图）展示Alpha 多样性，方便观察样品中真实序列、测序错误和嵌合体数量
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• 5.Statistical significance of diversity differences between groups：样品组间多样性比较
• 6.Cross-validation by identity （CVI）：同一性交驻验证特征预测的准确率
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• 新增命令包含：
• calc_lcr_probs：Calculate lowest common rank probabilities 计算序列物种分类各级概率
• cluster_tree：Construct clusters from tree using distance cutoff 基于树文件聚类
• distmx_split_identity:Split distance matrix into test/training pair for CVI 拆分距离矩阵为测试和训练集
• fastx_syncpairs：Sort forward and reverse reads into the same order 双端序列找成队并排序
• fastx_trim_primer：Remove primer-binding sequence from FAST×file 引物匹配并切除
• forest_classify：Classify data using random forest 随机森林分类预测
• forest_train:Train random forest classifier 随机森林分类器建立
• nbc_tax：Predict taxonomy using RDP Naive Bayesian Classifier algorithm 采用RDP算法预测分类学物种注释
• otutab_binary：Convert OTU table with counts to presence（1）/absence（0） 转换OTU表为二元（有、无）形式
• otutab_forest_classify：Classify samples using random forest 样品随机森林分类
• otutab_core：Identify core microbiome in OTU table 鉴定OTU表中核心微生物组
• otutab_forest_train：Train random forest classifier on OTU table 基于OTU表的随机森林训练
• otutab_otus：Extract OTU labels from OTU table 提取OTU表中的OTUs
• otutab_rare：Sub_sample OTU table to same number or reads per sample 抽样标准化OTU表
• otutab_samples：Extract sample labels from OTU table 提取OTUs表中样品名
• otutab_select：Identify OTUs which are informative （correlate with metadata）鉴定更有信息的OTUs，即组间差异OTUs
• otutab_xtalk：Identify cross-talk using improved algorithm（UNCROSS2）改进算法鉴定嵌合
• search_pcr2：In-silico PCR,search for matches to primer pair 电子PCR，基于引物匹配扩增区
• subtree:Extracts subtree under given node 提取树中指定结点的子树
• tabbed2otutab：Convert read mapping file （read+OTU）to OTU table 单行表格转换为OTU表
• tree_subset：Extract subset of tree for given set of leaf labels 根据树叶标签提取子集